二元液相色譜儀工作方式：雙泵并聯，可同時有兩個流動相，按照預先設定的配比進入，再高壓下進行混合，混合配比更準確，不易產生氣泡，不用為了轉換流動相而反復清洗，提高了工作效率。同時可以做梯度洗脫，當待測樣品成分復雜，用一個固定的流動相配比無法將樣品中成分*分開時，就需要用到梯度洗脫，在同一個分析過程中由儀器自動改變流動相配比，將樣品中前次無法分離的物質進行洗脫，在同一譜圖中得到分開的峰的效果。有助于提高分析準確性，避免遺漏重要物質的檢測。

    四元液相色譜儀工作方式：可同時有四個流動相進入流路，按照預先設定的配比進行混合，由于在常壓下混合所以較易產生氣泡，因此必須配備在線脫氣機，可消除氣泡影響。可以做梯度洗脫，在儀器上進行設定之后，在同一樣品分析工程中，相隔一段時間后，按照用戶設定的配比自行改變流動相配比，將樣品中所有組分分離開來，有助于提高分析準確性。做簡單的分析，一般性的化合物用二元的系統就很好，如果做蛋白類，多肽等半制備或梯度洗脫還是四元系統方便，但需配在線脫氣機。

    二元高壓混合和四元低壓混合的一個重大區別就是前者進入輸液泵后立即進行混合，而后者是進泵以后慢慢混合，有的還要過一混合器，混合不但置后，而且效果明顯不如前者。二元的價格比四元的貴，兩種類型的液相色譜儀在性能上各有優缺點。